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Según Matthew Pope, fundador y director general de Esox Biologics, las tecnologías de secuenciación de nueva generación y la metagenómica están demostrando su valía entre los primeros acuicultores, en particular los operadores de sistemas de acuicultura por gravedad.

por Senior editor, The Fish Site
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Matthew Pope, fundador y director general de Esox Biologics, recogiendo una muestra

La empresa proporciona a los ganaderos ensayos de diagnóstico para identificar y detectar patógenos causantes de enfermedades antes de suministrar aditivos alimentarios personalizados que modulan positivamente el microbioma del ganado acuático para inhibir el crecimiento de los patógenos detectados © Esox Biologics

¿Puede hablarme un poco de su pasado?

Nací en Londres, Reino Unido, de madre irlandesa y padre canadiense. Pasé las vacaciones escolares en cada uno de estos países, donde establecí mi pasión por los peces, la pesca y el mundo acuático. Pasaba todos los días junto al agua: observando cómo nacían las truchas, buscando cangrejos de río o intentando atraer a un esquivo musky desde las profundidades de un lago de agua dulce

¿En qué se inspiró para empezar a estudiar los patógenos acuáticos?

Me formé como microbiólogo y trabajé durante diez años en empresas e instituciones de investigación de Francia, Países Bajos, Reino Unido, Japón y Argentina. Cada laboratorio desarrollaba soluciones biotecnológicas novedosas para tratar enfermedades humanas o mejorar procesos industriales. Estuve aprendiendo y ayudando a desarrollar tanta tecnología fascinante, pero nunca perdí mi pasión por los peces y el mundo acuático. Habiendo visto de primera mano el poder de la moderna biotecnología, quise saber si su aplicación a la medicina veterinaria acuática también podría mejorar el bienestar de los animales acuáticos.

¿Qué productos y servicios ofrece la empresa?

En Esox Biologics tenemos la misión de prevenir la propagación de enfermedades infecciosas entre los animales acuáticos. Para ello, proporcionamos ensayos de diagnóstico para identificar y detectar patógenos causantes de enfermedades y, a continuación, proporcionamos aditivos alimentarios personalizados que modulan positivamente los microbiomas del ganado acuático para inhibir el crecimiento de los mismos patógenos que detectamos.

¿Qué los diferencia de los medios tradicionales para evaluar los riesgos de enfermedades y mitigarlos en las instalaciones acuícolas?

Nuestros servicios de diagnóstico se diferencian de los productos convencionales porque utilizamos tecnologías de secuenciación de nueva generación y aprovechamos la ciencia de la metagenómica. Los diagnósticos convencionales, como los ensayos qPCR, sólo detectan patógenos conocidos y ofrecen un resultado binario (patógeno presente/ausente). La histología puede identificar la patología, pero ofrece poca información para identificar al culpable.

Nuestro servicio de metagenómica revela la población total de microorganismos dentro de una muestra. El noventa por ciento de los microorganismos acuáticos no están clasificados, lo que significa que no están descritos por la ciencia. Nuestras plataformas metagenómicas identifican todos los organismos, los caracterizan taxonómicamente e identifican patógenos potenciales a partir de sus secuencias de ADN únicas

El kit de muestras eForesee de la empresa

El diagnóstico acuático de Esox aprovecha el poder de la secuenciación metagenómica para descifrar la complejidad de los microbiomas totales a partir de una sola muestra © Esox Biologics

¿Cómo pueden los agricultores utilizar sus productos y servicios para ayudar a prevenir brotes de enfermedades?

Nuestros servicios de diagnóstico se están aplicando en programas de vigilancia. Los productores nos envían muestras que recogen periódicamente y utilizan los datos del microbioma resueltos para inferir cómo se pueden mejorar sus tácticas actuales de sanidad y cómo las condiciones ambientales de su explotación influyen tanto positiva como negativamente en los microbiomas de las granjas y, por tanto, en las amenazas de enfermedades.

Nuestra línea de prebióticos inhibidores de patógenos aún no está disponible comercialmente, pero se incorporará a las actuales fórmulas de piensos y se aplicará directamente a los animales, sin que el productor modifique sus prácticas.

¿Por qué el análisis metagenómico es especialmente útil para los operadores de SRA?

Los operadores de RAS confían en los filtros biológicos para reciclar y secuestrar los productos de desecho nocivos que se acumulan a lo largo de un ciclo de producción. Estos biofiltros se compran comercialmente y están compuestos por microbios con capacidades metabólicas conocidas. Los productores de SAR utilizan biofiltros, pero en la actualidad no saben cómo fluctúan estas comunidades microbianas a lo largo del tiempo ni cómo afectan estas fluctuaciones a su ganado o a las propiedades físicas y químicas del agua. Actualmente, la salud del biofiltro se mide por aproximación, monitorizando los niveles de amoníaco, por ejemplo.

Los productores de biofiltros están utilizando nuestro servicio de metagenómica para monitorizar los microbiomas de sus biofiltros a lo largo del tiempo y correlacionar estos datos con sus datos de producción para obtener información valiosa sobre cómo pueden mejorar sus prácticas

¿Hay otros elementos de la industria de la acuicultura para los que sus productos/servicios serían más adecuados o son adecuados para todas las escalas, presupuestos y especies?

Nuestra especialidad es la microbiología acuática. Todos los entornos acuáticos, ya sean interiores, continentales o de alta mar, tienen microbiomas. Nuestra tecnología es aplicable a todos los formatos de producción; tenemos clientes que producen moluscos en RAS, peces de aleta en alta mar, peces de aleta en el interior con raceways y granjas RAS, y productores de crustáceos que utilizan estanques revestidos.

¿Qué ha aprendido de las pruebas de su tecnología?

La información más valiosa que han revelado nuestras pruebas es que en todos los entornos acuáticos, más del noventa por ciento de los microorganismos no están clasificados. Nos encontramos en el umbral de la próxima frontera de la biología: la mayoría de los microbios acuáticos sin caracterizar

Bacterias Vibrio vistas al microscopio

El noventa por ciento de los microorganismos acuáticos están sin clasificar, pero las plataformas metagenómicas de Esox identifican todos los organismos y los caracterizan taxonómicamente antes de identificar los patógenos potenciales a partir de sus secuencias únicas de ADN

¿Qué comentarios han recibido de los primeros usuarios del sector?

Los agricultores que utilizan nuestros servicios disponen de poco tiempo para realizar procedimientos de muestreo complejos, por lo que hemos simplificado drásticamente nuestra estrategia de muestreo, y también se preocupan menos por los detalles microbiológicos y más por la información práctica que se puede obtener de ellos. Hemos adaptado nuestros informes en consecuencia, para garantizar que los agricultores obtengan la información más útil y aplicable.

Por otra parte, nuestros primeros veterinarios desean disponer de la mayor cantidad de datos posible y están entusiasmados con la capacidad de la metagenómica para salvar la distancia que existe actualmente entre los ensayos de diagnóstico molecular y los ensayos visuales basados en la histología. Un examen histológico puede revelar una patología, pero si el patógeno nunca se ha caracterizado, no se detectará con la línea habitual de ensayos qPCR. La metagenómica revela los culpables a los que actualmente no pueden acceder los diagnósticos convencionales.

La metagenómica revela los culpables a los que actualmente no pueden acceder los diagnósticos convencionales

Granja RAS de interior

Los productores de RAS están utilizando el servicio de metagenómica de Esox Biologics para supervisar el microbioma de sus biofiltros a lo largo del tiempo y correlacionar estos datos con los datos de producción para obtener información valiosa sobre cómo pueden mejorar sus prácticas

¿Qué tan rápido pueden esperar los agricultores un retorno de sus inversiones si utilizan sus productos y servicios?

Si el cliente quiere identificar un patógeno potencial que los ensayos actuales no pueden, el retorno de la inversión es inmediato. Si un cliente quiere saber cómo se ve afectado el microbioma de sus instalaciones de producción por sus métodos de cría, régimen de alimentación o estrategia de tratamiento, tendrá que esperar a que se complete todo el ciclo de producción o a que concluya todo el periodo de muestreo antes de poder correlacionar los datos metagenómicos con sus metadatos de producción y extraer conclusiones perspicaces. En cualquier caso, una inversión en la vigilancia metagenómica ahora produce información procesable para la producción del próximo año

¿Cómo cree que evolucionará la empresa en los próximos años?

Con el tiempo, nuestros productos serán más personalizables. A medida que sigamos recopilando más datos sobre los microbiomas acuáticos, seremos capaces de aportar más información exclusiva a esos lugares de producción, ya se trate de ensayos de diagnóstico exclusivos para detectar patógenos que solo están presentes en granjas específicas, o de desarrollar prebióticos exclusivos que modulen los patógenos que se encuentran dentro de los microbiomas de un ganado específico.

¿Cómo ve la evolución de la empresa en los próximos años?

Nuestros productos serán más personalizables con el tiempo

¿Cómo se ha financiado la empresa hasta la fecha y tienen planes para conseguir más financiación?

Nuestra empresa está respaldada por capital riesgo y ahora está generando ingresos a través de nuestros servicios de diagnóstico. Esperamos un crecimiento continuo a medida que más clientes adopten nuestros servicios y experimenten nuestro valor, aumentando el rendimiento de las granjas mediante la mejora del bienestar animal.

La empresa está respaldada por capital riesgo y ahora está generando ingresos a través de nuestros servicios de diagnóstico

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